ישנם מיליוני אנשים שחייבים להיזהר בצריכת חלב ומוצרי חלב עקב אי סבילות ללקטוז. ברוב המדינות חובה לתייג רכיבים שעלולים לגרום לאלרגיות או לרגישויות. עם זאת, זיהום לא מכוון נפוץ מאוד. זו הסיבה שעל יצרנים לבדוק את מוצריהם כדי להבטיח תיוג נכון ולמנוע ריקולים של מוצרים.

כאשר בעלי חיים מניקים מוזנים במזון מזוהם באפלטוקסין, אפלטוקסין M1, שעלול להיות רעיל, מופרש עם החלב. מכיוון שאפלטוקסין M1 יציב יחסית בטיפול בחום ובעיבוד חלב, מומלץ לבדוק את החלב הגולמי וגם את המוצר הסופי.

אנליזה אנזימטית היא כלי רב ערך לזיהוי חומרים רבים הקיימים במוצרי חלב וגבינה, כגון לקטוז, חומצה לקטית, חומצה גלוטמית, אמוניה, ניטרט או אתנול. שיטות אנזימטיות רבות אושרו או אומתו על ידי ארגונים בינלאומיים כמו AOAC (למשל שיטה רשמית 984.15, לקטוז בחלב), פדרציית החלב הבינלאומית (למשל IDF 34C, חומצת לימון בגבינה ובחלב) ו-ISO (למשל ISO 11285, לקטולוז בחלב).

מלבד הסיכון הבריאותי הפוטנציאלי לצרכנים, שאריות תרופות אנטיביוטיות טומנות בחובן סיכון כלכלי מכיוון שהן יכולות לעכב תהליכי ייצור ביוטכנולוגיים הכוללים מיקרואורגניזמים. תקנה מספר 37/2010 של הנציבות (EU) קובעת רמות מותרות של אנטיביוטיקה במזון ממקור מן החי, למשל עבור חלב 4 ppb פניצילין, 100 ppb טטרציקלין ואפס סובלנות לכלורמפניקול.

מוצרי חלב מועשרים לעיתים קרובות בוויטמינים כדי להבטיח אספקה מספקת לאוכלוסייה. יצרנים צריכים לוודא שתכולת הוויטמינים הנוספים והטבעיים תואמת את התווית שעל האריזה עד לתאריך חיי המדף המוצהר.